กล้องจุลทรรศน์มีตั้งแต่กล้องจุลทรรศน์แบบเลนส์เดี่ยวแบบธรรมดาไปจนถึงแบบซับซ้อนที่มีระบบภาพ กล้องจุลทรรศน์จะแตกต่างกันไปตามความละเอียด กำลังขยาย วิธีการให้แสง ประเภทของภาพ มุมมองภาพ ระดับของระบบอัตโนมัติ เป็นต้น กล้องจุลทรรศน์สามารถจำแนกได้กว้างๆ อย่างแสง อิเล็กตรอน และเลนส์คอนโฟคอล ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับแหล่งกำเนิดรังสี กล้องจุลทรรศน์แสงใช้แสงที่มองเห็นได้เป็นแหล่งรังสี กล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงสามารถจำแนกได้อีกครั้งเป็นกล้องจุลทรรศน์สเตอริโอและกล้องจุลทรรศน์แบบผสม

กล้องจุลทรรศน์สเตอริโอเป็นที่รู้จักกันทั่วไปว่า

เป็นกล้องจุลทรรศน์แบบผ่าซึ่งสามารถให้มุมมอง 3 มิติของวัตถุได้ กล้องจุลทรรศน์แบบผสมให้มุมมองแบบ 2 มิติของวัตถุที่สามารถใช้เพื่อวัตถุประสงค์ในห้องปฏิบัติการ กล้องจุลทรรศน์แบบเฟสคอนทราสต์และกล้องจุลทรรศน์สนามมืดปรับเปลี่ยนหลักการของกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงเพื่อเพิ่มคุณภาพการมองเห็นของชิ้นงานทดสอบ กล้องจุลทรรศน์จุ่มน้ำมันใช้น้ำมันระหว่างเลนส์กับชิ้นงานทดสอบเพื่อเพิ่มกำลังขยาย

กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนเป็นชนิดที่ซับซ้อน ซึ่งใช้กระแสอิเล็กตรอนเป็นแหล่งรังสีแทนแสง สิ่งเหล่านี้สามารถรับประกันการขยายในระดับที่สูงขึ้น และใช้อย่างมีประสิทธิภาพในด้านธรณีวิทยา การแพทย์ และโบราณคดี กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่องผ่านใช้เพื่อขยายรายละเอียดภายในของชิ้นงานทดสอบโดยใช้ลำแสงอิเล็กตรอน ภาพสามมิติของพื้นผิวของชิ้นงานทดสอบสามารถวิเคราะห์ได้โดยใช้กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่องกราด การสแกนกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่องกราดเป็นการดัดแปลง TEM ซึ่งจะสแกนวัตถุในอัตราที่เร็วขึ้น

กล้องจุลทรรศน์แบบคอนโฟคอลเป็นแบบอัตโนมัติ

ใช้เลเซอร์เป็นแหล่งรังสี กล้องจุลทรรศน์เรืองแสงกระตุ้นชิ้นงานที่ย้อมด้วยรังสีเฉพาะเพื่อให้ภาพที่สว่างขึ้น กล้องจุลทรรศน์โพรบสแกนเป็นกลุ่มของกล้องจุลทรรศน์ ซึ่งสร้างภาพโดยการสแกนตัวอย่างโดยใช้โพรบทางกายภาพ กล้องจุลทรรศน์โพรบสแกนส่วนใหญ่ประกอบด้วยกล้องจุลทรรศน์สแกนอุโมงค์ กล้องจุลทรรศน์แรงอะตอม กล้องจุลทรรศน์ออปติคอลการสแกนระยะใกล้ ฯลฯ สิ่งเหล่านี้มีการใช้งานที่ยอดเยี่ยมในนาโนเทคโนโลยี

กล้องจุลทรรศน์ที่ใช้แรงแม่เหล็ก ไมโครเวฟ อะคูสติก ฯลฯ ก็มีให้ใช้เช่นกัน กล้องจุลทรรศน์อนุมานใช้กับวัตถุโปร่งใสอย่างสมบูรณ์ซึ่งมองไม่เห็นภายใต้กล้องจุลทรรศน์ธรรมดาในการใช้งานแบบวันต่อวัน กล้องจุลทรรศน์ ราคาจะจำแนกตามจำนวนเลนส์ของกล้องจุลทรรศน์ ได้แก่ กล้องสองตา กล้องสองตา และกล้องสามตา